Genetic switching into the competent state [Elektronische Ressource] : Bacillus subtilis: a single cell approach / vorgelegt von Madeleine Leisner

Genetic switching into the competent stateBacillus subtilis: a single cell approachMadeleine LeisnerMunc¨ hen 2008Genetic switching into the competent stateBacillus subtilis: a single cell approachMadeleine LeisnerDissertationFakult¨at fur¨ PhysikLudwig–Maximilians–Universit¨at Munc¨ henvorgelegt vonMadeleine Leisneraus Landshut4. Februar 2008Erstgutachter: Prof. Dr. Joachim O. Radler¨Zweitgutachter: Prof. Dr. Erwin FreyTag der mundlic¨ hen Prufung:¨ 5. Mai 2008Contents1 Zusammenfassung 12 Summary 33 Introduction 54 DNA uptake, regulation and bistability 94.1 DNA uptake regulation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 94.2 Bistability . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 125 Basic theoretical concepts 155.1 Production of the key regulator: Hill equation . . . . . . . . . . . . . . . 155.2 Michaelis-Menten degradation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 185.3 Rate equations . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 215.4 Stochastic Simulations . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 225.5 Bistable Behaviour . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 256 Preparation techniques and experimental methods 276.1 Materials and preparation techniques . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 276.1.1 Materials and strains . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 276.1.2 Preparation of conditioned and inhibitory media . . . . . .